超过诉讼时效的股权纠纷案件可以从以下几方面进行处理：

对方未提出时效抗辩：

虽然案件超过了诉讼时效，但如果被告在诉讼过程中没有主动提出诉讼时效抗辩，那么法院不会主动审查诉讼时效问题，原告仍有机会获得胜诉。这种情况下，案件将按照正常的诉讼程序进行审理，法院会根据案件的事实和证据来判断原告的诉求是否成立。

对方提出时效抗辩：

法院认定抗辩成立：如果被告提出诉讼时效抗辩，且法院经审理认为抗辩事由成立，那么法院会判决驳回原告的诉讼请求。此时，原告在该次诉讼中无法通过司法途径获得救济，但这并不意味着原告的实体权利完全丧失。

尝试协商解决：即使诉讼请求被法院驳回，双方当事人仍然可以通过自行协商的方式解决股权纠纷。例如，双方可以重新就股权的归属、转让价格、股东权益等问题进行谈判，达成新的协议或解决方案。这种方式可以避免进一步的法律纠纷和诉讼成本，同时也有可能更快速地解决问题。

寻求其他救济途径（特定情形下）：在一些特殊情况下，虽然股权纠纷案件超过了诉讼时效，但原告仍然可以通过其他途径寻求救济。例如，如果存在不可抗力、其他正当理由等导致原告无法在诉讼时效期间内行使权利，原告可以向法院申请延长诉讼时效。或者，如果股权纠纷涉及到国家利益、社会公共利益等，法院也可能会根据具体情况进行审查和处理。