企业申请破产清算主要需经过人民法院的批准。具体流程如下：

申请阶段：

提交申请材料：债权人、债务人或依法负有清算责任的人向有管辖权的人民法院提交破产清算申请及相关材料。债权人申请需提供债权发生的事实与证据、债权性质、数额、有无担保以及债务人不能清偿到期债务的证据等；债务人申请需提供破产申请书、企业主体资格说明、企业职工情况和安置预案、企业亏损情况说明及审计报告、企业资产状况明细表、企业债权债务情况表等一系列材料。

确定管辖法院：一般企业破产案件由债务人住所地人民法院管辖。基层人民法院管辖县、县级市或区工商行政管理机关核准登记的破产案件；中级人民法院管辖地区、地级市以上工商行政管理机关核准登记企业的破产案件及纳入国家计划调整的企业破产案件。

受理审查阶段：

法院审查期限：债权人申请破产的，人民法院审查期限为 22 日（5 日内通知债务人 + 7 日异议期 + 10 日裁定是否受理），最长可达 37 日（特殊情况经上一级人民法院批准可延长 15 日）；债务人、负有清算责任的人申请破产的，人民法院决定是否受理期限为 15 日，最长可达 30 日（特殊情况经上一级人民法院批准可延长 15 日）。

送达与公告：法院裁定受理的，应在自裁定作出之日起 5 日内送达申请人，并同时指定破产管理人；自裁定受理破产申请之日起二十五日内通知已知债权人，并予以公告。

裁定宣告破产阶段：经审查，如果企业符合破产条件，法院将裁定宣告企业破产。之后进入破产清算的后续程序，包括成立清算组、确认债权、对破产财产进行变价和分配等。

总之，企业申请破产清算无需其他政府部门（如劳动部门等）的批准，人民法院是破产清算申请的唯一审批机构。