遇到知识产权恶意诉讼，可以从以下几个方面进行处理：

收集证据积极抗辩：

证明对方恶意的证据：收集能证明原告提起诉讼并非为了维护合法权益，而是出于恶意的证据。例如，如果对方明知自己的知识产权存在瑕疵，却仍然提起诉讼，那么相关的文件、邮件、通信记录等都可以作为证据。比如在商标纠纷中，若能证明对方是恶意抢注商标后进行诉讼，其之前与该商标相关的行为记录、对商标的不实际使用情况等都可作为证据。

证明自己无侵权的证据：准备能够证明自己没有侵犯对方知识产权的证据，包括产品的研发过程、技术来源、设计图纸、在先使用的证据等。如果是著作权纠纷，作者的创作手稿、发表记录、创作时间证明等都可以用来反驳对方的诉讼请求。

向法院提出反诉：在知识产权恶意诉讼中，被告可以针对原告的恶意诉讼行为提起反诉，要求原告承担相应的法律责任，如赔偿因恶意诉讼给自己造成的损失，包括经济损失、名誉损失等，以及承担自己为应对诉讼所支出的合理费用，如律师费、诉讼费、差旅费等。

申请司法监督：

向检察机关反映：检察机关开展知识产权恶意诉讼专项监督工作，当事人可以将相关线索提供给检察机关，由检察机关对案件进行审查。如果发现存在恶意诉讼的情况，检察机关可以通过再审检察建议或提出抗诉等监督方式进行精准监督。

请求法院进行审查：法院在审理案件过程中，如果发现原告的诉讼行为可能存在恶意，也会对案件进行严格审查。被告可以向法院申请要求原告提供更多的证据来支持其诉讼请求，或者请求法院对原告的行为进行调查。

寻求行政途径解决：向知识产权行政管理部门举报或投诉，要求对原告的知识产权进行审查。如果发现原告的知识产权存在问题，如商标的恶意注册、专利的无效等，行政管理部门可以依法撤销或宣告无效，从而从根本上解决恶意诉讼的问题。

追究对方的法律责任：如果对方的恶意诉讼行为构成犯罪，如虚假诉讼罪等，应及时向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查，追究其刑事责任。根据法律规定，对于恶意提起诉讼的当事人，人民法院可根据情节轻重依法予以罚款、拘留，构成犯罪的依法追究刑事责任。